九三学社杭州直属小组成立于1955年7月3日,标志着浙江和杭州有了第一个社的地方组织。1957年5月19日,杭州分社成立。1982年11月6日,在原基础上改组成立杭州市分社。1984年1月,改称为九三学社杭州市委员会。历任主委为钱祖恩、黄致甲、徐兆骥、朱荫湄、朱祖德。目前是第九届委员会,现任主委罗卫红,副主委何黎明、马彦、马冬娟、李勇进、贺弢。截至2022年底,九三学社杭州市委员会有社员2294人,高中级技术职称比例88.1%,主体界别比例74.1%,其中各级人大代表、政协委员215人次。
为增强社的组织化程度,近年来社市委着力构建“纵横结合”的组织网络体系。纵向层面,共有10个基层委员会、84个支社,以星级支社创建为抓手,以“九三之家”建设为平台,不断推进基层组织规范化标准化建设。横向层面,设有参政议政、科技经济、社会法制、教育文化、卫生健康、城建、农业农村、青年、妇女、老年10个工作委员会和宣传工作研究会、信息工作研究会、法律服务顾问团、“九三讲堂”讲师团、九三学社杭州书画院5个工作平台,为社员履职交流搭建了有效的平台和载体。社市委机关编制14人,现有13人,设有办公室、组织处、宣调处、科教处。
近年来,社市委继承和发扬九三学社“爱国、民主、科学”的优良传统,以“政治坚定、组织坚实、履职有力、作风优良、制度健全”的新时代中国特色社会主义参政党优秀地方组织为目标,推动自身建设迈上新台阶。近年来先后被九三学社中央授予全国组织工作、宣传思想工作、参政议政、社会服务等先进集体以及“九三学社抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“坚持和发展中国特色社会主义学习实践活动全国先进集体”、“五史”知识竞赛优秀组织等荣誉称号;被九三学社浙江省委评为参政议政、信息、组织建设、新闻宣传、社会服务先进市级组织、“纪念九三学社创建75周年暨在浙江建立组织65周年先进地方组织”;社市委机关被授予“九三学社中央市级组织机关规范建设优秀单位”、杭州市“百千万”活动优秀单位、杭州市文明机关等荣誉称号。