九三学社杭州直属小组成立于1955年7月3日，标志着浙江和杭州有了第一个社的地方组织。1957年5月19日，杭州分社（省市合署）成立。1982年11月7日，成立杭州市分社。1984年1月，改称为九三学社杭州市委员会。历任主委为钱祖恩、黄致甲、徐兆骥、朱荫湄、朱祖德。目前是第九届委员会，现任主委罗卫红，副主委马彦、马冬娟、陈安、李勇进、贺弢。截至2025年7月底，九三学社杭州市委员会有社员2510人，高中级技术职称比例86.5%，主体界别比例73.4%，其中各级人大代表、政协委员228人次。机关设有办公室、组织处、宣传调研处、科教处等4个处室，行政编制13人，现有12人。

        为增强社的组织化程度，九三学社杭州市委员会着力构建“纵横结合”的组织网络体系。纵向层面，共有11个基层委员会、88个支社，以星级支社创建为抓手，以“九三之家”建设为平台，不断推进基层组织规范化标准化建设。横向层面，设有10个工作委员会（参政议政、科技经济、社会法制、教育文化、卫生健康、城建、农业农村、青年、妇女、老年）和“两会两团一院”（宣传工作研究会、信息工作研究会、法律服务顾问团、“九三讲堂”讲师团、九三学社杭州书画院），为社员履职交流搭建了有效的平台和载体。

        九三学社杭州市委员会在九三学社浙江省委员会和中共杭州市委的领导下，坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，践行习近平总书记对新时代中国特色社会主义参政党提出的“四新”“三好”总要求，大力弘扬九三学社“爱国、民主、科学”的优良传统，积极履行参政党职能，全面加强自身建设，为促进杭州市经济社会发展发挥了积极作用。先后多次被九三学社中央授予全国组织工作、宣传思想、参政议政、社会服务等先进集体；被九三学社浙江省委员会评为优秀市级地方组织以及组织建设、宣传思想、参政议政、信息工作、社会服务先进市级组织；微信公众号“杭州九三”连续获得全国民主党派市级组织微信公众号第三名、九三学社全国市级组织十佳微信公众号首位等荣誉；机关被授予“九三学社中央市级组织机关规范化建设先进单位”“九三学社全省机关建设先进集体”等荣誉称号。